Τυπική αντένδειξη αποτελεί η διάγνωση ψυχωσικής διαταραχής, η επιληψία και η μείζων κατάθλιψη. Λόγοι που δεν ευνοούν την κλινική υπνοθεραπεία είναι η έλλειψη εμπιστοσύνης προς τον θεραπευτή και κάποιες φορές η ίδια η ψυχοθεραπευτική σχέση.